Организация должна принять к вычету НДС по входящим счетам-фактурам в том случае, если она понесла затраты на капитальные вложения в ОС (на сооружение объекта ОС).
Но если стоимость ОС в результате уменьшилась, убирать НДС с вычета не нужно. Это не предусмотрено нормами пункта 3 статьи 170 и статьи 171.1 НК РФ.
По вопросу восстановления сумм налога на добавленную стоимость, принятых к вычету по затратам на сооружение объекта основных средств (капитальные вложения в объект основных средств). И при отражении убытка от обесценения таких капитальных вложений в годовой бухгалтерской отчетности.
Департамент налоговой политики сообщает, что обязанность налогоплательщика по восстановлению принятых к вычету сумм налога на добавленную стоимость по затратам на капитальные вложения в объекты основных средств, в случае если в соответствии с законодательством Российской Федерации о бухгалтерском учете налогоплательщиком определяется убыток от обесценения таких капитальных вложений, нормами пункта 3 статьи 170 и статьи 171.1 Налогового кодекса Российской Федерации не предусмотрена.
Источник: https://www.buhgalteria.ru/news/obestsenivanie-os-v-bukhgalterskom-uchete-nds-vosstanavlivat-ne-obyazyvaet.html